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세무조사·불복

이미 끝난 세무조사를 다시 열게 하는 예외 일곱 가지

밸류클립 Lab 최종 검토 2026.09.04
한 줄 요약

같은 세목 같은 과세기간은 다시 조사할 수 없는 것이 원칙이고 예외가 법에 일곱 가지로 닫혀 있습니다. 다만 조사가 위법하다는 것과 세금이 없어지는 것은 다른 이야기입니다.

조사 종결 통지 위에 예외라고 적힌 얇은 종이가 겹쳐진 것을 세무사가 들어 올리는 장면

「끝난 조사를 또 할 수 있습니까.」 원칙은 할 수 없습니다. 같은 세목, 같은 과세기간을 두 번 보는 것은 법이 막고 있습니다. 다만 그 문을 여는 예외가 일곱 가지로 정해져 있고, 위법하게 열린 문이라도 저절로 닫히지는 않습니다.

2개다시 못 보는 조건 · 같은 세목 + 같은 과세기간
7가지법에 닫혀 있는 예외
0건법에 없는 사유로 열리는 경우

같은 세목 같은 기간은 다시 보지 않습니다

세무조사를 한 번 받고 나면 그 세목과 그 과세기간에 대해서는 다시 조사받지 않는 것이 원칙입니다. 국세기본법 제81조의4 제2항이 같은 세목·같은 과세기간에 대한 재조사를 금지하고 있습니다. 납세자가 같은 사안으로 반복해서 조사에 응하지 않도록 하는 장치입니다.

두 조건이 모두 겹쳐야 금지가 걸립니다. 세목이 다르면, 예를 들어 법인세 조사를 받은 뒤 부가가치세를 조사하는 것은 재조사가 아닙니다. 과세기간이 다르면 같은 세목이라도 재조사가 아닙니다. 둘 다 같을 때 비로소 문이 닫힙니다.

이름을 바꾸면 피할 수 있는가. 그렇지 않습니다. 조사행위가 납세자로 하여금 질문에 대답하고 검사를 받도록 해 영업의 자유 등에 영향을 미쳤다면, 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 본 판단이 있습니다(대법원 2014두8360). 「현지확인」이라는 이름이 붙어 있어도 하는 일이 그것이라면 마찬가지입니다.

조사한 항목이 다르면 되는가. 이것도 원칙은 아닙니다. 특정 항목만 조사했더라도 같은 세목·같은 과세기간을 다시 보는 것은 재조사에 해당하고, 조사 내용이 겹치지 않아도 마찬가지라고 본 판단이 있습니다(대법원 2014두12062). 다만 같은 판결이 예외를 함께 두었습니다. 다른 세목이나 다른 과세기간을 조사하다 범위가 넓어져 부분적으로만 조사가 이루어진 경우처럼 특별한 사정이 있으면, 나머지 항목을 뒤에 조사하는 것은 재조사가 아니라고 했습니다.

이름이 아니라 하는 일로 판단합니다
대비국세기본법 제81조의4 제2항
둘 다 같아야 재조사가 막힌다
재조사가 아니다
하나라도 다르면
세목이 다르거나 기간이 다르다
재조사다
둘 다 같으면
같은 세목 · 같은 과세기간
이름이 아니라 하는 일로 판단합니다
확인 세목과 기간부터 대조하세요

그럼 그 문은 언제 열릴까요.

그 문이 열리는 일곱 가지

예외는 법에 목록으로 닫혀 있습니다. 열거된 것 외에는 열리지 않습니다.

첫째, 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우입니다. 「의심이 든다」로는 부족하고 명백한 자료가 있어야 합니다.

둘째, 거래상대방을 조사할 필요가 있는 경우입니다. 셋째, 2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우입니다. 넷째, 불복 절차에서 재조사 결정이 내려진 경우인데, 이때는 그 결정의 주문에 적힌 범위로 한정됩니다. 재조사 결정이 났다고 해서 전부를 다시 볼 수 있는 것이 아닙니다.

다섯째, 조사와 관련해 금품을 제공하거나 알선한 경우입니다. 여섯째, 부분조사를 한 뒤 나머지 부분을 조사하는 경우입니다. 일곱째는 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우입니다.

서열국세기본법 제81조의4 제2항
재조사가 허용되는 일곱 사유
명백한 자료 — 조세탈루 혐의 자료
거래상대방 — 상대방 조사 필요
2개 이상 기간 — 여러 기간에 걸친 잘못
재조사 결정 — 주문 범위로 한정
금품 제공 — 조사 관련 금품·알선
부분조사 뒤 — 나머지 부분
대통령령 — 그 밖에 정하는 경우
확인 열거된 것 외에는 열리지 않습니다

문이 잘못 열렸다면 어떻게 될까요.

위법해도 저절로 없어지지는 않습니다

예외에 해당하지 않는데도 재조사가 이루어졌다면 그 조사는 위법합니다. 법원도 그렇게 판단해 왔습니다.

여기서 한 걸음 더 나간 판단이 있습니다. 금지되는 재조사에 기초해 과세처분을 하는 것은 그 자체로 위법하고, 그 재조사로 얻은 자료를 처분의 근거로 삼지 않았다거나 그것을 빼고도 같은 처분이 가능했다고 해서 달리 볼 것은 아니라고 했습니다(대법원 2016두55421). 「조사는 잘못했지만 결과는 맞으니 세금은 유효하다」는 논리를 막은 것입니다.

그런데 여기에 실무에서 가장 크게 어긋나는 지점이 있습니다. 조사가 위법하다는 것과 세금이 저절로 없어지는 것은 다른 이야기입니다. 과세처분은 다투지 않으면 그대로 확정됩니다. 위법한 조사에서 나온 처분이라도 아무도 문제 삼지 않으면 그 상태로 남습니다. 그래서 순서가 중요합니다. 위법을 확인하는 것이 첫걸음이고, 그다음은 기간 안에 다투는 일입니다. 「위법하니까 알아서 정리되겠지」와 「위법하니까 기간 안에 다투어야 한다」는 결과가 다릅니다. 재조사 통지를 받은 시점부터 달력을 세는 편이 안전합니다.

시점국세기본법
위법과 확정은 따로 움직입니다
기준이 되는 때조사 단계그 자체로 위법
그래도처분 단계다투지 않으면 확정
자료를 안 썼어도조사는 위법
가만히 있으면세금은 남는다
통지받은 날부터 달력을 세세요
확인 위법 확인이 첫걸음입니다

재조사 금지는 납세자를 보호하는 규정이지만 스스로 작동하지는 않습니다. 무엇을 조사받았는지, 세목과 과세기간이 무엇이었는지를 기록으로 남겨 두어야 다음에 그 문이 열렸을 때 대조할 수 있습니다. 그리고 위법을 확인했다면, 그다음은 기간 싸움입니다. 조사받은 세목과 기간부터 적어 두세요.

저장해두면 좋은 3줄
  • 재조사 금지는 같은 세목 + 같은 과세기간 둘 다 겹칠 때 걸린다. 조사 항목이 달라도 재조사로 본 판단이 있고, 특별한 사정이 있으면 예외다.
  • 예외는 일곱 가지로 닫혀 있다. 재조사 결정에 따른 조사는 그 주문의 범위로 한정된다.
  • 조사가 위법한 것과 세금이 없어지는 것은 다르다. 다투지 않으면 처분은 그대로 확정되므로 기간 안에 다투어야 한다.

자주 묻는 질문

법인세 조사를 받았는데 이번에는 부가가치세 조사입니다. 중복인가요?
세목이 다르므로 재조사 금지에 해당하지 않습니다. 금지는 같은 세목과 같은 과세기간이 모두 겹칠 때 걸립니다. 다만 조사가 실제로 어떤 것이었는지는 이름이 아니라 하는 일로 판단되므로, 앞선 조사의 범위가 어디까지였는지를 함께 봐야 합니다.
「현지확인」이라고 적힌 통지를 받았습니다. 이것도 조사인가요?
그럴 수 있습니다. 법원은 조사행위가 납세자로 하여금 질문에 대답하고 검사를 받도록 해 영업의 자유 등에 영향을 미쳤는지를 기준으로 보았습니다. 장부와 서류를 제출받아 검토하고 질문조사권을 행사하는 정도라면 이름이 무엇이든 세무조사로 보아 재조사 금지가 적용될 수 있습니다.
위법한 조사였다는 것이 나중에 밝혀지면 세금은 어떻게 되나요?
저절로 없어지지는 않습니다. 과세처분은 다투지 않으면 정해진 기간이 지나면서 확정되고, 그 뒤에는 조사가 위법했는지와 무관하게 그대로 남습니다. 위법을 확인했다면 그다음은 기간 안에 다투는 일입니다.

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참고 자료

국세기본법 제81조의4 제2항 — 같은 세목·같은 과세기간에 대한 재조사 금지와 그 예외
대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 — 예외 사유 없는 재조사에 기초한 부과처분의 위법
대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 — 금지되는 재조사에 기초한 과세처분은 그 자체로 위법하고, 그 자료를 근거로 삼지 않았더라도 달리 보지 않음
대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 — 특정 항목만 조사했더라도 같은 세목·같은 과세기간의 재조사에 해당(특별한 사정이 있는 경우는 예외)
대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 — 조사행위가 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우 재조사가 금지되는 세무조사에 해당

기준 시점 2026.09 · 밸류클립은 감정평가 실무자가 운영하는 정보 매체이며, 이 글은 참고 자료로 세무·법률 자문이 아닙니다.